そこで、2000系特急形気動車の駆動系を利用した、ローカル型の高性能気動車として1000形が1990年3月のダイヤ改正で登場した。車体はJR四国の新車標準とも言えるステンレス製で全長21.3 ｍの大型車体を持つ。機関は2000系の物をベースに出力を増強したSA6D-125H（400PS）を１基搭載している。台車はローカル車両にも関わらず、当時としては破格の軽量ボルスタレス空気ばね式のS-DT57/S-TR57を履く。
客室はロングシートとボックスシートが千鳥配置されたJR四国独特の座席配置となっている。出入り口扉は片側３カ所だが、ワンマン運転時は中央の扉は閉め切り扱いとなるほか、いずれの扉も自動/半自動の切替が可能となっている。これらの客室配置は、この後登場するJR四国のローカル型車両に標準採用されてゆく。
製造初年度は２８両が新潟鉄工所で製作され、全車両が徳島運転所に集中配置されたが、現在は高知地区にも配備されており、全56両が製作された。1000形の配置により、旧国鉄から継承されたキハ20/30/45といったDMH17系機関を搭載した 旧型一般用気動車群が四国から姿を消した。
普通 1000形 高徳線 阿波大宮ー板野
普通 1000形 高徳線
普通 1000形 徳島線
普通 1000形 徳島線 学ー山瀬
普通 1000形 徳島線 阿波山川ー川田
普通 1000形 土讃線 琴平ー塩入
普通 1000形 土讃線
普通 1000形 土讃線
普通 1000形 土讃線
1000形主要諸元
| 形式 | 1000 |
| 運用者 | JR四国 |
| 製造所 | 新潟鉄工所 |
| 製造年 | 1990年～1998年 |
| 運用開始 | 1990年3月10日 |
| 最高運転速度 | 110 km/h |
| 全長 | 21300 mm |
| 全幅 | 2894 mm |
| 全高 | 3825 mm |
| 床面高さ | 1180 mm |
| 車体 | ステンレス鋼 |
| 車輪径 | 860 mm |
| 車両定員 | 151名 |
| 自重 | 31.5 t |
| 台車 | S-DT57/S-TR57 |
| 機関 | コマツ SA6D125-H |
| 機関出力 | 400 PS (294kW)/2100 rpm |
| 変速機 | DW-14C |
| 変速段 | 変速1段、直結2段 |
| 制動装置 | 電気指令式空気ブレーキ 機関排気ブレーキ併用 |
| 保安装置 | ATS-SS |
1000形車歴表
| 番号 | 新製日 | 製造所 | 新製配置 | 現配置 | 備考 |
| 1001 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1002 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1003 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1004 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1005 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1006 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1007 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1008 | 90 | 新潟 | 徳島 | 徳島 | 1次車 トイレ付 |
| 1009 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1010 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1011 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1012 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ無 |
| 1013 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ無 |
| 1014 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1015 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ無 |
| 1016 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1017 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1018 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1019 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1020 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1021 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1022 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1023 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1024 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1025 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1026 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1027 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1028 | 90 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 1次車 トイレ付 |
| 1029 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1229に改造 |
| 1030 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1230に改造 |
| 1031 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1231に改造 |
| 1032 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1232に改造 |
| 1033 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1034 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1035 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1235に改造 |
| 1036 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1037 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1038 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1039 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1040 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1041 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1042 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1043 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 高知 | 2次車 トイレ付 |
| 1044 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1244に改造 |
| 1045 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1245に改造 |
| 1046 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1246に改造 |
| 1047 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1247に改造 |
| 1048 | 92,93 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 2次車 1248に改造 |
| 1049 | 95 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 3次車 1249に改造 |
| 1050 | 95 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 3次車 1250に改造 |
| 1051 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1251に改造 |
| 1052 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1252に改造 |
| 1053 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1253に改造 |
| 1054 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1254に改造 |
| 1055 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1255に改造 |
| 1056 | 97,98 | 新潟 | 徳島 | 改造種車 | 4次車 1256に改造 |
